Cara Mengidentifikasi Virus Penyebab Penyakit dengan VirusDetect

Mengidentifikasi Virus dengan Memadukan Biologi Molekuler dan Bioinformatika

Cara mengidentifikasi virus dan pendeteksian serangan virus tahapan awal merupakan salah satu tantangan bagi dunia pertanian dan kesehatan.  Berbagai metode dan teknologi yang ada cenderung mahal dan tidak dapat dilakukan dalam waktu yang cepat.

VirusDetect adalah perangkat lunak pengidentifikasi virus yang gratis dan  efisien dapat menganalisis sekuens RNA kecil (sRNA) untuk mengidentifikasi virus baru maupun virus yang telah banyak dikenal. Zhangjun Fei Boyce Thompson Institute (BTI) profesor dan kawan-kawan berhasil merilis VirusDetect, perangkat lunak bioinformatika yang dapat mendeteksi dan mengidentifikasi virus dengan cepat dan akurat.

“Kami memilih teknologi Sekuensing RNA yang kecil ini karena itu adalah sebuah teknologi yang sangat efisien untuk identifikasi virus dan penemuan,” berkata Fei. “VirusDetect adalah alat bioinformatika pertama yang dirancang khusus untuk menganalisis jenis data untuk deteksi virus ini.”

Ada banyak cara mengidentifikasi virus. Metode tradisional menggunakan mikroskop, antibodi atau teknik molekuler yang mendeteksi spesifik urutan materi genetik virus. semua teknik yang tidak sangat efisien, terutama dalam mendeteksi virus baru.

Dengan teknologi Sekuensing baru, peneliti dapat mensekuensing virus DNA atau RNA bersama dengan materi inangnya. Tetapi, pendekatan ini memerlukan alat sekuensing yang memiliki harga mahal dan berkecepatan tinggi untuk mendeteksi serangan awal oleh virus.

VirusDetect mengambil keuntungan dari sistem pertahanan antivirus alami pada tanaman dan hewan yang disebut interferensi RNA (RNAi). Ketika tanaman atau selhewan diserang oleh virus, sel mengeluarkan iRNA yang memiliki ukuran tidak lebih dari 24 nukleotida.

Ukuran RNAi yang kecil ini membuat VirusDetect dapat dengan cepat mengidentifikasi virus Fei menggunakan alat ini untuk menciptakan virome ubi jalar Pan-Afrika, yang menggambarkan semua virus yang menginfeksi ubi jalar di beberapa lokasi di seluruh sub-Sahara Afrika.

Dengan menggunakan lebih dari 1.000 bidang sampel, para peneliti tidak bisa memproses data ini secara manual dan diperlukan alat deteksi virus dengan kecepatan tinggi untuk mengidentifikasi virus dikenal dan tidak diketahui.

“Anda dapat menggunakan strategi ini untuk Mengidentifikasi Virus Penyebab Penyakit dengan VirusDetect, sekaligus distribusi, keanekaragaman dan evolusi virus penyebab penyakit di skala besar. Baik skala benua atau bahkan global. Anda dapat mengumpulkan sampel dari seluruh dunia,” Jelas Fei

Pustaka

Boyce Thompson Institute. “VirusDetect, a new bioinformatics pipeline for virus identification released: VirusDetect efficiently detects viruses, viroids from large-scale, small RNA datasets.” ScienceDaily. ScienceDaily, 29 November 2016. <www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161129153802.htm>.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *